PerlPrimer: A Versatile Primer Design Tool
PerlPrimer adalah aplikasi GUI sumber terbuka yang ditulis dalam Perl, dirancang untuk memudahkan proses desain primer dalam berbagai jenis PCR, termasuk standar, bisulphite, dan real-time PCR. Dengan fitur yang komprehensif, aplikasi ini memungkinkan pengguna untuk menghitung kemungkinan primer-dimer, mengambil urutan genom atau cDNA dari Ensembl, serta melakukan pencarian BLAST untuk primer melalui server NCBI. Hasil desain dapat disimpan atau diekspor dalam format tab-delimited yang kompatibel dengan aplikasi spreadsheet.
Alternatif yang Direkomendasikan Teratas
Aplikasi ini juga dilengkapi dengan algoritma deteksi ORF dan pulau CpG, serta kemampuan untuk menambahkan urutan kloning ke primer. PerlPrimer menghitung suhu leleh primer menggunakan parameter termodinamika dari J. SantaLucia dan mempertimbangkan konsentrasi Mg2+, dNTPs, dan primer untuk memberikan prediksi yang akurat. Dengan kompatibilitas lintas platform, PerlPrimer dapat digunakan di Windows, GNU/Linux, dan Mac OS X, menjadikannya alat yang sangat berguna bagi peneliti di bidang bioinformatika.
